Tom nasceu em Westminster, Londres. É filho de Diana Patricia (uma ex gerente de palco e administradora de artes) e James Hiddleston (um cientista e diretor de uma empresa farmacêutica). Tem uma irmã mais velha, Sarah que é jornalista na Índia, e uma irmã mais nova, Emma, que também é atriz.
Aos 13 anos entrou para o Eton College ao mesmo tempo que os seus pais se estavam a divorciar. Sobre isso, Hiddleston disse: “Acho que comecei a representar porque achava que estar longe na escola enquanto os meus pais se estavam a divorciar era angustiante”.
Após terminar os estudos em Eton, entrou na Pembroke College da Universidade de Cambridge, onde tirou o curso de Estudos Clássicos com notas máximas nas principais cadeiras. Depois da universidade frequentou a Academia Real de Arte Dramática (RADA) e terminou o curso de representação em 2005
Em 2013,Tom Hiddleston participou de um projeto da UNICEF. O ator passou uma semana consumindo alimentos em pequenas quantidades,que foram comprados com pouco dinheiro,para entender e mostrar para as pessoas as dificuldades sofridas por algumas comunidades carentes da África.Tom também fez uma visita a Guiné,onde interagiu com os habitantes e criou um blog contando as experiências que vivia no local.